Alignements et comparaisons de séquences

• Comparaison et Consensus de séquences
• Alignement de deux séquences
• Alignements multiples
• Alignements de structures
• Affichage d'alignements
• HMM (Hidden Markov Models)

• Comparaison et Consensus de séquences

EMBOSS
• merger: Fusionne deux séquences recouvrantes.
• megamerger: Fusionne deux séquences d'ADN recouvrantes.
• cons: Consensus d'un alignement multiple.
• diffseq: Trouve des différences (SNPs) entre des séquences quasi-identiques.

• Alignement de deux séquences

BL2SEQ

• bl2seq: algorithme de NCBI-Blast2 pour aligner deux séquences.




WISE

• wise: Alignement d'un séquence protéique avec une séquence d'ADN génomique ou de cDNA.




COMBAT

• combat: COMBined AlignmenT: Comparaison de deux séquences d'ADN codantes.




EMBOSS

• matcher: Trouve le meilleur alignement local possible entre deux séquences.
• water: Alignement local Smith-Waterman.
• needle: Alignement global Needleman-Wunsch.
• stretcher: Trouve le meilleur alignement global possible entre deux séquences.
• supermatcher: Comparaison d'une très grande séquence avec une ou plusieurs séquences.
• seqmatchall: Comparison des séquences les unes par rapport aux autres prises dans un jeu de sequences
• wordmatch: Recherche de toutes les sections identiques d'une taille donnée entre deux séquences d'ADN.
• wordfinder: Aligne une grande séquence contre une ou plusieurs autres séquences
• polydot: Dotplot rapide de plusieurs séquences. Équivalent de polydot d'EGCG.
• dotmatcher: Crée un dotplot pour 2 séquences.
• dottup: Affiche un dotplot "wordmatch" de deux séquences.
• dotpath: Affiche un dotplot "wordmatch" de deux séquences non recouvrantes.
• est2genome: Alignement d'EST et de séquences génomiques.

• Alignements multiples

MUSCLE

• muscle: Alignement multiple de séquences protéiques et nucléiques.




CLUSTALW

• clustalw-multialign: Générer un alignement multiple.
• clustalw-profile: Fusionner deux alignement par des profils.
• clustalw-sequence: Ajouter des séquences d'un profil à un alignement.




DCA

• dca: Divide-And-Conquer multiple sequence alignment.




PIMA

• pima: Pattern-Induced Multi-sequence Alignment.




DIALIGN

• dialign: Comparaison de séquences et alignement multiple (ADN ou protéine).




TREEALIGN

• treealign: A Unified Approach to Alignments and Phylogenies.




COMALIGN

• comalign: Alignements multiples de sequences nucleiques.




EMBOSS

• edialign: Alignment multiple local de sequences
• plotcon: Courbe de la qualité de conservation d'un alignement multiple.
• tranalign: Align nucleic coding regions given the aligned proteins.

• Alignements de structures

COSA

• cosa: Clustal Ouput Structural Analysis.

• Affichage d'alignements

BOXSHADE

• boxshade: Présentation d'alignements multiples.




MVIEW

• mview: Présentation d'alignements multiples.




EMBOSS

• extractalign: Extraire une région d'un alignement
• infoalign: Informations sur un alignement multiple
• prettyplot: Présentation d'alignements multiples.
• showalign: Présentation d'alignements multiples.




VIENNARNA

• rnaalifold: Calcul des structures secondaires d'un jeu de séquences ARNs alignées.

• HMM (Hidden Markov Models)

HMMER

• hmmalign: Aligner des séquences à l'aide d'un profile HMM.
• hmmbuild: Construit un HMM à partir d'un alignment multiple.
• hmmcalibrate: Prend un HMM et détermine empiriquement les paramètres utilisés pour rendre les recherches plus sensibles, en calculant des valeurs plus précises pour les "E-values".
• hmmconvert: Convertir un modèle en differents formats
• hmmemit: Emet des séquences de façon probabiliste à partir d'un "profile HMM".