Phylogénie

• Reconstruction phylogénétique par la méthode de parsimonie
• Reconstruction phylogénétique à partir de matrices de distances
• Reconstruction phylogénétique par la méthode du maximum de vraisemblance
• Calcul de matrices de distances
• Manipulation et visualisation d'arbre phylogénétique
• Autres programmes

• Reconstruction phylogénétique par la méthode de parsimonie

PHYLIP

• dnapars: Séquences d'ADN.
• protpars: Séquences de protéines.
• pars: Discrete character parsimony
• mix: Mixed method parsimony.
• dollop: Dollo and Polymorphism Parsimony programme.




LVB

• lvb: Reconstruction phylogénétique par parcimonie et recuit-simulé.

• Calcul de matrices de distances

PHYLIP

• dnadist: A partir de séquences d'ADN alignées.
• protdist: A partir de séquences de protéines alignées.

EMBOSS

• distmat: A partir de séquences alignées.

• Reconstruction phylogénétique à partir de matrices de distances

PHYLIP

• neighbor: Neighbor-joining ou UPGMA.
• fitch: Fitch-Margoliash et moindres carrés.
• kitsch: Fitch-Margoliash et moindres carrés avec horloge moléculaire.




BIONJ

• bionj: Une version de la méthode Neighbor Joining améliorée pour les données de séquences.




WEIGHBOR

• weighbor: Weighted neighbor joining.




QUICKTREE

• quicktree: Reconstruction phylogénétique rapide par la méthode du Neighbor-Joining.

• Reconstruction phylogénétique par la méthode du maximum de vraisemblance

FASTDNAML

• fastdnaml: Construction d'arbres phylogénétiques de séquences d'ADN par la méthode du maximum de vraisemblance.




PHYML

• phyml: A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood.




PUZZLE

• puzzle: Reconstruction phylogénétique par maximum de vraisemblance et quartet puzzling.




SEQ-GEN

• seqgen: Sequence-Generator: An application for the Monte Carlo simulation of DNA sequence evolution along phylogenetic trees.

• Manipulation et visualisation d'arbre phylogénétique

PHYLIP

• drawtree: Dessin d'arbres.
• drawgram: Dessin de cladogrammes et de phénogrammes.
• consense: Calcul d'un arbre consensus.
• unroot: Déraciner un arbre.




RBVOTREE

• rbvotree: Reporte les valeurs de bootstrap obtenues avec le programme consense du package Phylip sur un arbre de distance obtenu avec l'algorithme Neighbor joining ou UPGMA.

• Autres programmes

PHYLIP

• clique: Compatibility Program.




TREEALIGN

• treealign: A Unified Approach to Alignments and Phylogenies.




BAMBE

• bambe: Bayesian Analysis in Molecular Biology and Evolution.




TIPDATE

• tipdate: Analysis of trees with dated tips.