Analyses de séquences de protéines

• Recherche de motifs
• Analyses de structures protéiques
• Propriétés de protéines
• Cinétique Enzymatique
• Affichage

• Recherche de motifs

PRATT

• pratt: Identification de motifs dans des séquences protéiques non alignées.




PROSE

• prose: Recherche de motifs Prosite dans une séquence.




SIG

• sig: Recherche de motifs Prosite multiples.




SCAN_FOR_MATCHES

• scan_for_matches: Recherche d'un motif dans une séquence.




CONSENSUS

• consensus: Identification de motifs consensus dans des séquences non alignées.




EMBOSS

• antigenic: Recherche de sites antigéniques dans une protéine.
• digest: Prédiction de profils de digestion par des enzymes protéolytiques ou des réactifs chimiques.
• epestfind: Recherche de sites PEST comme site potentiel de cleavage proteolytique.
• fuzzpro: Recherche d'un motif donné dans une protéine.
• fuzztran: Recherche d'un motif protéique après traduction.
• helixturnhelix: Recherche de sites de liaison d'acides nucléiques sur une protéine.
• oddcomp: Recherche des régions de faible compléxité.
• patmatdb: Recherche d'un motif dans des séquences protéiques.
• patmatmotifs: Recherche de motifs protéiques à partir d'une banque de motifs.
• preg: Recherche d'expression rationnelle dans une protéine.
• pscan: Recherche de motifs de la banque PRINTS dans une séquence.
• sigcleave: Prédiction de sites de clivages de "peptides signaux".

• Analyses de structures protéiques

DSSP [accès local seulement]

• dssp: Prédiction de structure secondaire à partir de coordonnées 3D.




PREDATOR

• predator: Prédiction d'une structure secondaire de protéine à partir de séquences.




TOPPRED

• toppred: Prédiction topologique de régions transmembranaires.




EMBOSS

• garnier: Prédiction de structure secondaire de protéine
• helixturnhelix: Recherche de sites de liaison d'acides nucléiques sur une protéine.
• hmoment: Calcul du moment hydrophobique d'une protéine
• pepcoil: Prédiction de régions "coiled coil".
• pepnet: Affiche une protéine comme un réseau d'hélices.
• pepwheel: Affiche une protéine comme des hélices.
• tmap: Graphe des régions transmembranaires.

• Propriétés de protéines

SAPS

• saps: Statistical Analysis of Protein Sequences.




PSORT

• psort: Prédiction de la localisation sous-cellulaire d'une protéine à partir de sa séquence.




EMBOSS

• backtranambig: Traduction inverse d'une protéine en codon.
• backtranseq: Traduction inverse d'une protéine en ADN.
• charge: Courbe de charge.
• checktrans: Statistiques sur les propriétés des ORF.
• compseq: Décompte le nombre de dimer/trimer/etc dans une sequence
• emowse: Identification de protéine par spectrometrie de masse.
• freak: Table ou dessin de la fréquence des acides aminés
• hmoment: Calcul de moment hydrophobique.
• iep: Calcul du point isoélectrique d'une protéine.
• mwfilter: Filtrer le bruit de fond dans les poids moléculaires en sortie d'une spectrométrie de masse.
• octanol: Graphique de la différence de solubilité en octanol et en eau d'une protéine.
• pepinfo: Affiche les propriétes des acides aminés.
• pepstats: Statistiques sur les protéines.
• pepwindow: Trace l'hydropathie d'une protéine.
• pepwindowall: Trace l'hydropathie d'un ensemble de protéines alignées.
• prettyplot: Equivalent de prettyplot d'EGCG. Propose également une sortie texte pour les alignements.

• Cinétique Enzymatique

EMBOSS

• findkm: Calcule le Km et la Vmax d'une réaction enzymatique.

• Affichage

EMBOSS

• pepnet: Affichage de séquences protéiques en réseau.
• pepwheel: Affichage de séquences protéiques en hélices.