Analyses de structure

• Structure secondaire
• Structure tertiaire

• Structure secondaire




MFOLD

• mfold: Prédiction de structure secondaire d'ARN par minimisation d'énergie.




PREDATOR

• predator: Prédiction d'une structure secondaire de protéine à partir de séquences.




TOPPRED

• toppred: Prédiction topologique de régions transmembranaires.




ViennaRNA

• rnaalifold: Calcul des structures secondaires d'un jeu de séquences ARNs alignées.
• rnaduplex: Prédiction des structures secondaires de séquences d'ARNs hybridées
• rnafold: Prédiction de structures secondaires d'ARNs.
• rnacofold: Prédiction de structures secondaires de dimère d'ARNs.
• rnalfold: Prédiction de structures secondaires locales d'ARNs.
• rnaplfold: Calcul la probabilité moyenne d'appariement local sur de longues séquences.
• rnaeval: Energie de séquences d'ARN à partir de structures données.
• rnadistance: Distances entre structures secondaires d'ARN.
• rnapdist: Distances d'ensemble de structures secondaires thermodynamiques.
• rnainverse: Séquence d'ARN calculée à partir d'une structure secondaire.
• rnasubopt: Prédiction de structures secondaires d'ARNs suboptimales.




EMBOSS

• garnier: Prédiction de structure secondaire de protéine
• helixturnhelix: Recherche de sites de liaison d'acides nucléiques sur une protéine.
• hmoment: Calcul du moment hydrophobique d'une protéine
• pepcoil: Prédiction de régions "coiled coil".
• pepnet: Affiche une protéine sous forme de réseau d'hélices.
• pepwheel: Montre une séquence protéique sous forme d'hélice.
• tmap: Graphe des régions transmembranaires.

• Structure tertiaire

COSA

• cosa: Clustal Ouput Structural Analysis.