00001 #ifndef __VIENNA_RNA_PACKAGE_PARAMS_H__ 00002 #define __VIENNA_RNA_PACKAGE_PARAMS_H__ 00003 00004 #include "energy_const.h" 00005 #include "data_structures.h" 00006 00007 #ifdef __GNUC__ 00008 #define DEPRECATED(func) func __attribute__ ((deprecated)) 00009 #else 00010 #define DEPRECATED(func) func 00011 #endif 00012 00028 paramT *scale_parameters(void); 00029 00044 paramT *get_scaled_parameters(double temperature, 00045 model_detailsT md); 00046 00047 paramT *get_parameter_copy(paramT *par); 00048 00055 pf_paramT *get_scaled_pf_parameters(void); 00056 00079 pf_paramT *get_boltzmann_factors( double temperature, 00080 double betaScale, 00081 model_detailsT md, 00082 double pf_scale); 00083 00092 pf_paramT *get_boltzmann_factor_copy(pf_paramT *parameters); 00093 00099 pf_paramT *get_scaled_alipf_parameters(unsigned int n_seq); 00100 00107 PUBLIC pf_paramT *get_boltzmann_factors_ali(unsigned int n_seq, 00108 double temperature, 00109 double betaScale, 00110 model_detailsT md, 00111 double pf_scale); 00112 00113 DEPRECATED(paramT *copy_parameters(void)); 00114 DEPRECATED(paramT *set_parameters(paramT *dest)); 00115 DEPRECATED(pf_paramT *scale_pf_parameters(void)); 00116 DEPRECATED(pf_paramT *copy_pf_param(void)); 00117 DEPRECATED(pf_paramT *set_pf_param(paramT *dest)); 00118 00119 00120 00121 #endif
1.6.1