00001 #ifndef __VIENNA_RNA_PACKAGE_PARAMS_H__ 00002 #define __VIENNA_RNA_PACKAGE_PARAMS_H__ 00003 00004 #include "energy_const.h" 00005 #include "data_structures.h" 00006 00007 #ifdef __GNUC__ 00008 #define DEPRECATED(func) func __attribute__ ((deprecated)) 00009 #else 00010 #define DEPRECATED(func) func 00011 #endif 00012 00036 paramT *scale_parameters(void); 00037 00052 paramT *get_scaled_parameters(double temperature, 00053 model_detailsT md); 00054 00055 paramT *get_parameter_copy(paramT *par); 00056 00063 pf_paramT *get_scaled_pf_parameters(void); 00064 00088 pf_paramT *get_boltzmann_factors( double temperature, 00089 double betaScale, 00090 model_detailsT md, 00091 double pf_scale); 00092 00101 pf_paramT *get_boltzmann_factor_copy(pf_paramT *parameters); 00102 00108 pf_paramT *get_scaled_alipf_parameters(unsigned int n_seq); 00109 00116 PUBLIC pf_paramT *get_boltzmann_factors_ali(unsigned int n_seq, 00117 double temperature, 00118 double betaScale, 00119 model_detailsT md, 00120 double pf_scale); 00121 00126 DEPRECATED(paramT *copy_parameters(void)); 00127 DEPRECATED(paramT *set_parameters(paramT *dest)); 00128 DEPRECATED(pf_paramT *scale_pf_parameters(void)); 00129 DEPRECATED(pf_paramT *copy_pf_param(void)); 00130 DEPRECATED(pf_paramT *set_pf_param(paramT *dest)); 00131 00132 00133 00134 #endif
1.6.1